Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) représente un levier fiscal stratégique pour les entreprises investissant dans la Recherche et Développement (R&D). Toutefois, son obtention repose sur une justification rigoureuse des travaux menés, démontrant leur éligibilité au regard de 5 critères bien définis. C’est dans ce cadre que la rédaction des opérations R&D joue un rôle déterminant : elle doit fournir une démonstration claire et argumentée du caractère innovant et incertain des projets déclarés. En cas de contrôle, elle constitue la principale preuve permettant de défendre l’octroi du CIR (voir notre article). Dans quel cadre la rédaction technique s’inscrit-elle ? Quel est le plan de rédaction à suivre ? Quelles sont les récentes évolutions sur les modèles à suivre ? Quelles sont les recommandations pour éviter la remise en cause de son périmètre et éviter un redressement fiscal ?

Les différentes situations où l’entreprise est amenée à rédiger une opération de R&D

Les règles d’identification des activités de R&D éligibles et des dépenses éligibles au CIR sont définies à l’article 244 quater B du code général des impôts (CGI) et commentées au Bulletin officiel des finances publiques (BOFIP). Elles sont, par ailleurs, explicitées dans le guide du CIR publié chaque année par le Ministère chargé de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR).

Une entreprise peut être amenée à présenter ses opérations de R&D menées ou à mener dans différentes situations :

• La situation la plus courante est dans le cadre d’une déclaration annuelle de ses dépenses de R&D. Un dossier justificatif est à transmettre à l’administration fiscale sur sa demande, lors d’un contrôle fiscal ou de l’instruction d’une demande de remboursement. Il sera expertisé par les agents de la direction générale des finances publiques (DGFiP) ou adressé au MESR pour évaluation par des experts scientifiques. Ce dossier doit principalement décrire scientifiquement les opérations de R&D et faire le lien avec les dépenses déclarées afférentes (personnel, matériel, prestations).
• La situation la plus rare est dans le cadre d’une procédure de sécurisation ou rescrit CIR. A son initiative, une entreprise peut demander une confirmation préalable à l’administration fiscale de l’éligibilité au CIR de ses opérations de R&D (rescrit simple indirect). Cette demande spécifique est à déposer au plus tard six mois avant la date limite de la déclaration du CIR auprès de l’administration, par courrier, afin d’obtenir, dans un délai de trois mois, la confirmation du caractère éligible au CIR des dépenses afférentes à son ou ses projets de R&D. L’administration peut avoir recours à la Délégation Régionale Académique à la Recherche et à l’Innovation (DRARI) pour solliciter son expertise scientifique sur l’opération décrite. Ce rescrit peut également être déposé directement auprès de la DRARI (rescrit simple direct). Dans les deux cas, un expert du MESR évalue alors le caractère scientifique et technique de l’opération R&D décrite par l’entreprise ainsi que la nature des dépenses afférentes.
• Les jeunes entreprises peuvent également demander un rescrit JEI (Jeune Entreprise Innovante) pour obtenir confirmation auprès de l’administration qu’elles peuvent bénéficier du statut de JEI ou Jeune Entreprise de Croissance (voir notre article) pour la période. La demande doit satisfaire aux conditions prévues par l’article 44 sexies-0 A du CGI concernant sa taille, son âge, sa création, sa détention capitalistique et son seuil R&D (voir notre article). La société doit également décrire une opération de R&D qu’elle a réalisée ou qui est en cours de réalisation sur la période visée par la demande. Le dossier transmis doit être déposé auprès de l’administration fiscale avant la date légale de dépôt de la liasse fiscale relative à la période visée par le rescrit et cette dernière peut saisir la DRARI dont relève territorialement l’entreprise pour apprécier le caractère scientifique et technique de l’opération présentée. L’opération décrite sera alors expertisée par un agent du MESR. La réponse est attendue sous trois mois ; à défaut, l’accord obtenu est tacite.
• Enfin une entreprise peut solliciter un agrément CIR auprès du seul MESR afin de faire bénéficier à ses clients du CIR sur les prestations de recherche qu’il a réalisées pour eux (décret 2021-784 du 18/06/2021). Cet agrément représente un atout stratégique majeur pour une entreprise qui devient au regard du CIR un « organisme de recherche ». Obtenir et conserver cet agrément impose de démontrer une capacité réelle récente à mener des travaux de recherche. Dans le dossier justificatif, le demandeur décrit ses activités, ses moyens humains et matériels et démontre ses capacités en R&D en présentant des travaux de recherche scientifique ou technique récents, effectués par ses soins, dont il a défini la démarche scientifique lui-même. La demande de premier agrément est à déposer sur la plateforme en ligne du MESR avant le 31 mars 2025 pour l’année 2025 et le délai de traitement est d’au minimum 8 mois.

Ces 4 situations ont pour point commun de coucher sur le papier les travaux de R&D récents réalisés et à réaliser par l’entreprise. On peut comprendre la réticence à dévoiler des éléments techniques sur des projets sensibles en R&D. Cependant, refuser de transmettre son dossier CIR pour ces raisons expose l’entreprise à un rejet du crédit d’impôt et à un redressement fiscal, car la charge de la preuve incombe au contribuable. En tout état de cause, les agents de l’administration sont soumis au secret professionnel via l’article L 103 du Livre des Procédures fiscales, encadré par l’article 226-13 du Code pénal. Les agents du MESR sollicités pour l’expertise des opérations de R&D sont soumis au même « secret fiscal », avec également un engagement signé de non-conflit d’intérêt par rapports à leurs propres activités de recherche.

Pour concilier CIR et Confidentialité des travaux, l’entreprise peut adopter une stratégie de rédaction non exhaustive mais argumentée, en produisant des éléments synthétiques. On va le voir plus loin : cela va de toute façon devenir la norme puisque les modèles publiés en ce début d’année 2025 abondent dans ce sens.

Le plan de rédaction d’une opération de R&D

La rédaction du dossier technique du CIR repose sur plusieurs textes réglementaires, manuels et guides présentés cités dans le paragraphe précédent. Sont également mis à disposition plusieurs modèles/trames (CIR : procédures de sécurisation, Guide du crédit d’impôt recherche 2024) de dossier par le MESR, et il est fortement recommandé de les suivre. Il existe autant de trames que de situations évoquées précédemment. Le tableau récapitulatif ci-dessous met en parallèle les quatre plans de rédaction de l’opération de R&D en vigueur depuis 2025 pour le CIR, l’agrément CIR, le rescrit CIR et le rescrit JEI.

Les plans de rédaction sont identiques pour les rescrits CIR et JEI. On remarque néanmoins quelques différences « logiques » entre les quatre plans (écriture en rose) :

• Pour l’agrément, on demande un diagramme de Gantt des travaux réalisés pour bien apprécier la démarche expérimentale complète récente de l’opération de R&D réalisée par l’organisme. On ne demande pas les travaux externalisés, puisque l’entreprise doit prouver qu’elle s’est donnée les moyens de réaliser les travaux de recherche elle-même.
• Pour les rescrits CIR et JEI, on demande un calendrier des travaux engagés et à engager puisque l’entreprise récemment créée n’a pas forcément réalisé l’entièreté des travaux de R&D et que le rescrit est demandé en cours d’année.
• Pour l’agrément et les rescrits, il est demandé la description du rôle des personnels comme pour le CIR, mais aussi la description des moyens matériels. En effet, dans ces 3 situations l’entreprise doit prouver qu’elle dispose des moyens humains et matériels pour réaliser son opération de R&D.
• Pour le CIR, on a une synthèse requise à l’inverse des 3 autres. L’aspect quantitatif est différent pour le CIR ainsi que la présentation de l’entreprise. Voir paragraphe dédié plus loin.

On constate tout de même que le gros du descriptif est identique sur le fond, avec des éléments de contexte, le verrou et l’analyse critique de l’état de l’art, la démarche scientifique et les travaux, les résultats et contributions à l’acquisition de connaissances nouvelles, les indicateurs R&D, les moyens humains et les travaux confiés à autrui.

Le prérequis à la rédaction d’une opération de R&D

Le plan commun décrit plus haut est tout à fait conforme à la définition de la recherche éligible donnée par le MESR dans son guide : « La recherche éligible au CIR englobe les activités réalisées selon une démarche scientifique en vue de lever des verrous scientifiques ou techniques, c’est‑à‑dire des problèmes qui ne trouvent pas de solution dans les connaissances accessibles. Cette démarche scientifique consiste, à partir de l’état de l’art, à définir des hypothèses, à identifier les conséquences vérifiables, à identifier et/ou développer la théorie et les modèles nécessaires, à décrire le protocole expérimental et les expérimentations effectuées, à analyser les résultats obtenus et à tirer des conclusions sur les hypothèses formulées ».

Il repose sur une argumentation synthétique autour des 5 piliers que sont les 5 critères d’éligibilité au CIR d’une opération de R&D définis depuis 2015 par le Manuel de Frascati, repris en 2018 dans le guide MESR et depuis 2021 dans le BOFIP.

Le prérequis à la rédaction technique d’une opération de recherche est donc de bien comprendre chacun des 5 critères et leur lien de dépendance. On propose ainsi dans la figure suivante la définition des 5 critères et une illustration dans le domaine des matériaux. Ces 5 critères sont les piliers ou la colonne vertébrale de votre argumentaire technique.

Les récentes évolutions sur les modèles à suivre

En toute discrétion, le modèle de dossier justificatif des travaux de recherche vient d’être modifié. La figure suivante reprend le contenu de ce « dossier générique CIR » préconisé par le MESR. On y retrouve notamment le nouveau modèle de « fiche scientifique » pour décrire son opération de recherche.

Le MESR y rappelle que « les recommandations données … ont vocation à guider la constitution et la rédaction du dossier justificatif pour en assurer son examen dans les meilleures conditions par la DGFiP et le Ministère en charge de la recherche » aussi que « l’entreprise doit fournir un dossier justificatif CIR complet et conforme aux préconisations du Ministère en charge de la recherche ». C’est donc un guide mais qui vous « oblige ».

Il est donc fortement recommandé de suivre leurs préconisations pour mettre toutes les chances de votre côté pour convaincre que vos projets de recherche s’inscrivent dans une activité éligible au CIR.

Les nouveautés sont les suivantes :

• Le dossier justificatif technique est « recomposé » en 4 parties : 1) le fameux classeur Excel intitulé « synthèse financière » à compléter, 2) le dossier scientifique pdf (avec les fiches descriptives des opérations), 3) un dossier regroupant la qualification des personnels et 4) un dossier justifiant des dépenses sous-traitées. Les parties 1), 3) et 4) étaient auparavant versées au dossier justificatif financier comprenant toutes les pièces justificatives (CV, diplômes, données salariales, factures, contrat, devis…). Cette recomposition n’est qu’un élément de plus pour souligner le lien ou la cohérence qu’il doit y avoir entre les opérations décrites et les dépenses de personnel (voir notre article « Les bonnes pratiques pour déclarer sereinement ses dépenses de personnel au CIR ») et les dépenses de sous-traitance afférentes à ces opérations (voir notre article « Les bonnes pratiques pour déclarer des dépenses de sous-traitance au CIR »).
• Comme déjà mentionné plus haut, le fond reste le même pour la fiche descriptive, avec une articulation entre les 5 critères pour chaque opération de R&D décrite. A noter néanmoins que le verrou est à nouveau bien associé à une analyse critique de l’état de l’art, ce qui selon nous manquait cruellement dans la trame précédente (active depuis 2018), même si la constatation d’un verrou scientifique ne pouvait se faire objectivement qu’après la constatation des limites de l’état de l’art.
• Sur la forme, la fiche descriptive se veut plus synthétique puisque 10 pages maximum par opération sont requises (3 seulement pour les travaux) et mieux agencée et donc plus solide puisque les résultats des travaux et indicateurs de recherche se retrouvent enfin logiquement après la rédaction des travaux, comme c’était le cas avant 2018.
• Dorénavant, il est également devenu obligatoire de résumer l’opération sur une page et de présenter la société et sa stratégie R&D, sous la forme d’une note chapeau. Ce sont deux pratiques saines et vertueuses dont nous faisons l’expérience avec les entreprises que nous accompagnons depuis quelques années déjà.
• Dans cette note chapeau, limitée à 4 pages, sont requis : 1) une présentation en 2 pages de l’activité de la société, en se focalisant sur les atouts et indicateurs R&D liés à sa capacité à mener de la R&D, 2) l’organigramme de la société et de l’équipe R&D en précisant le ratio Effectif R&D/Effectif total, 3) une explication sur la méthode de sélection et d’évaluation d’éligibilité de ses opérations R&D, des précisions sur 4) la personne référente à contacter dans la société et 5) si l’opération a fait l’objet d’un rescrit ou demande d’agrément.
• Le plus étonnant et ennuyeux reste la suppression des modèles de fiche descriptive des opérations de recherche spécifiques à certains secteurs, modèles pourtant très utiles pour décrire des développements informatiques ou des essais cliniques (voir notre article).

Les règles d’or de la rédaction technique

Les conseils de rédaction que nous prodiguons à nos clients restent les mêmes puisque nous nous attachons à suivre les recommandations du MESR et à anticiper ses demandes. La figure suivante présente les règles d’or de la rédaction technique. On retiendra les adjectifs « cohérent », « logique », « justifié », « fluide », « clair », « pluriannuel », « expérimental ».

Le conseil le plus important est de constituer les éléments au fur et à mesure de l’avancement du projet : l’administration peut en effet revenir 4 ans en arrière lors d’un contrôle fiscal. Et vous le savez, si une opération de recherche n’est pas éligible, ce sont toutes les dépenses qui sont rejetées et donc le CIR y afférant. L’argumentation technique est essentielle puisqu’elle constitue le motif de rejet le plus courant du CIR. Et tenter de retrouver ou de constituer des éléments techniques justificatifs après 4 ans, c’est un réel défi (verrou qui n’ouvre pas droit au CIR 😊).

Le second motif de rejet porte sur le suivi des temps du personnel de recherche sur les opérations : il faut ainsi souligner l’importance du paragraphe « Ressources Humaines » de la fiche descriptive de l’opération de recherche.

On retrouve, dans le modèle de rédaction de l’opération de recherche, un paragraphe dédié à la participation effective de chacun dans cette opération. Chaque année, le guide renforce ses exigences. Depuis 2023, il y est demandé :

• d’indiquer les qualifications et le diplôme le plus élevé obtenu par chaque personnel de recherche,
• d’indiquer sa fonction dans l’opération et de décrire le rôle/contribution de chacun à l’acquisition des connaissances scientifiques et techniques (nature de l’activité dans l’opération),
• de justifier l’adéquation des temps déclarés au regard des travaux décrits en précisant le temps déclaré par opération. Des indicateurs quantitatifs (nombre de tests, d’essais…) sont recommandés pour justifier ce point depuis 2024 (voir notre article).

 

En conclusion, une mauvaise structuration, une justification insuffisante ou un manque de cohérence entre la description technique et la déclaration financière peuvent entraîner des remises en cause et redressements par l’administration. La rédaction du dossier technique est donc un exercice stratégique, qui nécessite de respecter un cadre méthodologique précis, en s’appuyant sur des références scientifiques et en apportant des éléments de preuve tangibles.

Discrètement mais surement, la DGRI semble maintenant préférer la clarté à l’exhaustivité pour convaincre de l’éligibilité d’une opération de R&D. Mieux organisé et plus synthétique, le nouveau modèle en place bénéficie aux lecteurs mais aussi aux rédacteurs : des dossiers plus solides et moins longs pour les instances et un gain de temps pour les entreprises avec une argumentation ciblée autour des 5 critères.

Reste à savoir si ces mises à jour sont un des fruits de l’enquête réalisée auprès des bénéficiaires du CIR en 2024 de la Direction Générale des Entreprise (DGE) et pour laquelle les remontées principales visaient à simplifier les démarches avec une nouvelle trame de dossier justificatif, ou bien du projet de loi de simplification de la vie économique dont il était question en 2024, juste avant la dissolution.

Concernant les travaux R&D, nous conseillons néanmoins de conserver une documentation plus détaillée ou une version « longue » des travaux, surtout pour les opérations de recherche dépassant 3 000 heures de recherche annuelles. En effet, le MESR demandait déjà des compléments de travaux sur les dossiers, alors même que ceux-ci dépassaient 3 pages : qu’en sera-t-il quand ils seront décrits sur 3 pages ou moins ?

 

Auteure : Véronique Collin, Experte Fiscalité de l’Innovation

 

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