Le Crédit Impôt Recherche (CIR) est un levier de financement extrêmement important pour les entreprises qui réalisent des opérations de Recherche et Développement (R&D), mais son obtention et sa sécurisation reposent sur des critères stricts et une documentation rigoureuse. Trop souvent, des erreurs évitables compromettent son utilisation, voire conduisent à des redressements fiscaux qui peuvent mettre à mal la santé financière de certaines entreprises. Cet article va vous présenter en détail les erreurs les plus fréquentes et les bonnes pratiques pour les éviter. 

Mal définir le périmètre des activités R&D

L’une des erreurs les plus fréquentes est d’inclure des activités qui ne répondent pas aux critères de la R&D définis par le CGI (Code General des Impôts) dans l’article 49 septies F de l’annexe III. Ces critères, qui s’appuient sur le Manuel de Frascati (paragraphes 240, 245 et 249), sont également précisés dans la doctrine administrative dans le BOI-BIC-RICI-10-10-10-20 et portent sur la recherche fondamentale, appliquée et le développement expérimental.

Comment éviter cette erreur ?

Pour éviter cette erreur essentielle, il faut démontrer que les travaux répondent aux cinq critères de la R&D qui sont :

1. comporter un élément de nouveauté ;
2. comporter un élément de créativité ;
3. comporter un élément d’incertitude ;
4. être systématique ;
5. être transférable et/ou reproductible.

Les projets doivent ainsi répondre à des problématiques complexes nécessitant une expérimentation ou des approches nouvelles. Afin de sélectionner les opérations éligibles, chaque entreprise doit mettre en place une méthodologie rigoureuse de sélection des projets pour répondre à cette problématique. Cette sélection doit être refaite tous les ans. Retrouvez ici nos commentaires sur les périmètres d’éligibilité des process industriels et des études cliniques.

Confondre le CIR et le Crédit Impôt Innovation (CII)

Exemple d’erreur courante : déclarer un projet purement innovant dans le CIR, alors qu’il devrait relever du CII.

De nombreuses entreprises confondent ces deux dispositifs et commettent des erreurs dans la répartition de leurs dépenses.

Comment éviter cette erreur ?

Pour chaque opération de R&D menée, l’entreprise doit faire la distinction claire entre les activités éligibles au :

• CIR qui concerne la recherche fondamentale, appliquée ou le développement expérimental, avec une forte composante scientifique et la nécessité de pouvoir démontrer une incertitude scientifique au regard de l’état de l’art académique.
• CII : réservé aux PME au sens communautaires, il porte sur le développement de nouveaux produits ou services innovants, souvent sans incertitude scientifique, mais présentant des caractéristiques techniques supérieures sur un marché de référence.

Un accompagnement spécialisé peut vous aider à catégoriser correctement vos travaux au travers de la mise en place d’une méthodologie de sélection.

Sous-estimer l’importance de la justification technique

Exemple d’erreur courante : fournir des informations trop générales sur les travaux réalisés, sans détail sur les défis techniques ou les méthodes employées.

Une autre erreur courante est de négliger la production d’un dossier technique solide. Les contrôles sont de plus en plus fréquents et approfondis (voir plus bas). Un simple descriptif des projets ne suffit pas. Il faut pouvoir matérialiser la réalisation des travaux en documentant les objectifs, méthodes et résultats obtenus au regard d’un état de l’art précis du domaine pour justifier clairement l’éligibilité de chaque projet. Cette documentation doit être réalisée au fur et à mesure de l’avancée des travaux pour ne pas devoir reconstituer à posteriori les justificatifs.

Comment éviter cette erreur ?

Pour chaque projet, il est indispensable de fournir un rapport technique complet comprenant :

• l’état de l’art initial avant le projet en incluant des références scientifiques ;
• les défis ou incertitudes rencontrés ;
• les méthodologies employées pour les surmonter, les hypothèses de recherche ;
• les résultats obtenus et leur valeur ajoutée.

Une documentation technique bien structurée est votre meilleure défense face à un contrôle.

Mal évaluer les dépenses éligibles

Exemple d’erreur courante : inclure des dépenses liées à des prestataires non agréés ou des coûts opérationnels non directement liés à la R&D.

Incorporer des dépenses inéligibles ou, à l’inverse, oublier des coûts qui pourraient être pris en compte constitue une source courante d’erreur. Un contrôle et un audit précis des dépenses au regard de l’évolution des textes et des jurisprudences sont nécessaires. Ces jurisprudences viennent régulièrement préciser les textes en place. Il faut donc assurer une veille précise pour pouvoir faire évoluer son process interne.

Comment éviter cette erreur ?

Faites un audit précis des dépenses admissibles, en respectant les catégories définies par le BOFIP :

• retraitement rigoureux des salaires des personnels impliqués directement dans les travaux de R&D (cf. article précédent sur Les bonnes pratiques pour déclarer sereinement ses dépenses de personnel au CIR) ;
• mise en place d’un suivi des temps précis pour le personnel impliqué sur les opérations de R&D ;
• collecte de tous les documents justificatifs : factures, décisions d’agréments, diplômes, contrats ;
• une attention particulière sur certains postes de dépenses comme les jeunes docteurs, ou la sous-traitance en cascade (cf. article précédent sur la déclaration des dépenses de sous-traitance au CIR) ;
• un suivi rigoureux des dépenses et une comptabilité analytique permettant d’assurer une déclaration fiable.

Négliger la traçabilité des dépenses

Exemple d’erreur courante : ne pas être en mesure de démontrer clairement la correspondance entre les heures déclarées et les activités de R&D réalisées.

Une documentation imprécise ou insuffisante sur l’affectation des ressources aux projets R&D peut également poser problème. Il faut que l’entreprise, comme pour les descriptifs techniques, puisse justifier de l’ensemble des dépenses exposées. Elle doit donc collecter les justificatifs (copie des diplômes, des factures, des contrats de sous-traitance, des décisions d’agrément, etc.) en amont des déclarations afin de les sécuriser. Elle doit également être capable d’expliquer précisément la méthodologie employée dans la valorisation de certains postes de dépenses comme les temps passés par le personnel de recherche au moyen de suivis des temps précis et exhaustifs.

Comment éviter cette erreur ?

Assurez une traçabilité parfaite des dépenses :

• mettez en place des outils de suivi du temps passé par les équipes sur les projets éligibles. Il est possible d’utiliser pour cela une solution interne ou un logiciel du commerce spécialisé dans ce type de suivi ;
• conservez les justificatifs liés aux achats ou aux prestations externes ;
• structurez vos fichiers pour permettre un contrôle rapide et efficace.

Ignorer l’obligation documentaire en cas de contrôle fiscal

Exemple d’erreur courante : ne pas disposer de dossier détaillé lorsque l’administration fiscale ou le ministère demande des précisions.

Certains pensent qu’un simple résumé des travaux suffira à convaincre en cas de contrôle fiscal. C’est une erreur qui peut coûter cher.

Comment éviter cette erreur ?

Constituez un dossier complet dès le départ, comprenant :

• des fiches techniques pour chaque projet ;
• les justificatifs financiers et techniques (factures, courriels, rapports internes, etc.) ;
• les preuves d’agrément des sous-traitants (si applicable).

Anticiper le contrôle, c’est sécuriser son CIR.

Ne pas anticiper un contrôle fiscal

Exemple d’erreur courante : déposer une déclaration hâtive sans audit préalable ni vérification de conformité.

La dernière erreur, mais non la moindre, est de sous-estimer la probabilité d’occurrence d’un contrôle de la déclaration par l’administration fiscale. En effet, la question n’est pas tant de savoir « si » la déclaration va être contrôlée, mais plutôt « quand » elle va l’être. En effet l’administration a la possibilité d’utiliser différents mécanismes pour vérifier et contrôler l’éligibilité des dépenses déclarées (nous reviendrons en détail sur les mécanismes de contrôle et les recours possibles dans un prochain article).

Lorsqu’une entreprise déclare un CIR, l’administration fiscale peut engager un contrôle pour vérifier l’éligibilité des dépenses déclarées. Ce contrôle peut prendre plusieurs formes.

• Contrôle sur pièces ou demande d’informations complémentaires : examen des documents fournis par l’entreprise pour justifier les dépenses de R&D et leurs natures.
• Vérification de comptabilité : c’est le « contrôle fiscal » : analyse approfondie des comptes de l’entreprise pour s’assurer de la conformité des déclarations. Cette vérification peut cibler spécifiquement une ou plusieurs déclarations de CIR, ou au contraire concerner l’ensemble de la comptabilité de l’entreprise.
• En cas de doute sur la nature scientifique ou technique des travaux, l’administration fiscale peut solliciter l’avis du ministère chargé de la recherche ou de la Délégation Régionale à la Recherche et à la Technologie (DRRT) compétente.

Les délais de réponses pour répondre aux demandes sont souvent courts (de quelques jours à deux mois dans certains cas) et contraignants.

Délais de reprise et prescription fiscale

Le droit de reprise de l’administration fiscale, c’est-à-dire la période pendant laquelle elle peut rectifier une déclaration, est encadré par des délais de prescription. Pour le CIR, ce délai est généralement de trois ans à compter de l’année de dépôt de la déclaration. Ainsi, pour un CIR déclaré en 2021, l’administration peut exercer son droit de reprise jusqu’au 31 décembre 2024. Ce délai permet à l’administration de venir contrôler a posteriori plusieurs années de déclaration (usuellement 3 ans), ce qui nécessite d’avoir des dossiers en permanence prêts à être présentés, et qui doivent parfois être remis au « goût du jour ».

Comment éviter cette erreur ?

Avant tout dépôt, effectuez un audit interne ou externe de votre dossier CIR, procédez à une collecte exhaustive de l’ensemble des justificatifs, collectez toute la documentation technique au fur et à mesure de l’avancée des travaux de recherche, mettez en place un process adapté pour ne pas être pris au dépourvu en cas de contrôle. Un expert en fiscalité de la recherche pourra ainsi :

• identifier les points faibles ;
• sécuriser votre méthodologie ;
• vous aider à préparer les réponses en cas de contrôle.

Anticiper, c’est éviter des désagréments coûteux.

Conclusion

Le CIR est un levier puissant pour financer l’innovation, mais il repose sur des exigences strictes en termes de documentation et de conformité. En évitant les erreurs courantes et en adoptant une approche proactive, vous maximisez vos chances de bénéficier pleinement de cet avantage fiscal tout en sécurisant votre démarche.

Besoin d’un accompagnement pour optimiser et sécuriser votre déclaration de CIR/CII ? Contactez nos experts dès aujourd’hui pour un audit personnalisé et gratuit.

 

Auteur : Philippe Makowski, Directeur Fiscalité de l’Innovation

 

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