Antoine Armand, ministre de l’Économie, des Finances et de l’Industrie et Laurent Saint-Martin, ministre chargé du Budget et des Comptes publics, avaient présenté le jeudi 10 octobre 2024 en Conseil des ministres, le projet de loi de finances (PLF) pour 2025. Le PLF 2025 avait pour principal objectif de ramener le déficit public à 5 % du PIB dès 2025, avec un objectif de retour sous les 3 % à l’horizon 2029. Dans cette course à l’économie, les dispositifs fiscaux pour l’innovation n’ont pas été épargnés.

S’en sont suivis non pas trois mois de débats comme à l’accoutumée mais cinq, avec un parcours inédit semé de navettes, bon nombre d’amendements ubuesques, un 49.3, des motions de censure, un nouveau gouvernement et même une loi spéciale pour que l’état puisse fonctionner (voir notre article), pour aboutir enfin à la promulgation de la loi de finances (LoF) pour 2025 le 14 février 2025. La plupart des dispositions sont applicables dès le lendemain pour 2025. Quelles sont celles qui concernent la Fiscalité de l’Innovation ? Quels dispositifs ont été prorogés ou modifiés ? Le Crédit Impôt Recherche (CIR) reste-t-il dans sa forme actuelle ? Quelles conséquences pour les Jeunes Entreprises Innovantes (JEI) ? Quelle sanction pour le Crédit Impôt Innovation (CII) réservé aux PME ? Quel avenir pour l’employabilité des jeunes docteurs ?

Un parcours plus que chaotique, avec un calendrier inhabituel et une loi spéciale inédite

Le PLF pour 2025 avait déjà été présenté en Conseil des ministres « en retard ». Il est en effet habituellement déposé durant la seconde quinzaine de septembre (voir notre article). Et pour cause, la nomination tardive du nouveau gouvernement de Michel Barnier, survenue à l’issue d’une procédure budgétaire freinée par la dissolution de l’Assemblée nationale (AN) le 9 juin 2024 et la démission du gouvernement de Gabriel Attal, ont ralenti considérablement le dépôt du PLF.

• Dans un premier temps, l’Assemblée nationale a rejeté le 12 novembre 2024 la partie « recettes » du texte qu’elle avait pourtant elle-même largement amendé : son examen s’était alors arrêté et le texte, considéré comme rejeté, partait au Sénat sans que la partie « dépenses » n’ait été débattue.
• Ensuite, les débats au Sénat, qui avaient pourtant mené au vote de la partie « recettes », ont été suspendus le 4 décembre 2024 au cours de la première lecture du texte, à la suite de l’adoption d’une motion de censure sur les conclusions de la commission mixte paritaire du projet de loi de financement de la sécurité sociale (PLFSS) pour 2025, dont les débats été menés en parallèle de la LoF pour 2025.
• On a assisté alors à une nouvelle démission du gouvernement le 5 décembre 2024, sans qu’aucun accord n’ait été trouvé sur le budget 2025 et sans qu’il puisse être envisagé de promulguer une LoF en fin d’année comme à l’accoutumée.
• Il fallait pourtant bien assurer la continuité des services publics début 2025 : le parlement a ainsi adopté le 20 décembre 2024, de façon inédite, une loi spéciale prévue par la loi organique relative aux LoF. Elle a permis, de façon provisoire, la perception des impôts et le recours à l’emprunt pour financer les dépenses de l’État et de la sécurité sociale.
• Le PLF est revenu à l’agenda parlementaire le 14 janvier 2025, après le discours de politique générale du nouveau premier ministre François Bayrou. Il avait souhaité repartir alors du texte du PLF déposé en octobre 2024, mais là où les débats s’étaient arrêtés en décembre au Sénat après la censure, et toujours avec cet objectif de contenir le déficit public (à 5,4 % du PIB vs 5 % pour le gouvernement de Michel Barnier). Le processus a donc repris, avec une adoption du texte avec modifications le 23 janvier 2025 au Sénat en première lecture.
• Puis le 31 janvier 2025, députés et sénateurs, réunis en commission mixte paritaire (CMP), avaient trouvé un accord sur une version finale du texte. Mais, au vu des débats houleux à l’AN, le premier ministre y a ensuite engagé la responsabilité du gouvernement via l’article 49.3 de la Constitution le 3 février 2025. S’en est suivie une nouvelle motion de censure finalement rejetée et le 5 février 2025, l’AN a alors adopté sans vote la version finale du PLF.
• Le 6 février 2025, le Sénat a définitivement adopté le PLF. Au terme d’une procédure que le conseil constitutionnel, saisi le jour même, a jugé conforme à la Constitution le 13 février 2025, la LoF n°2025-127 pour 2025 a été promulguée le 14 février 2025 et publiée au Journal Officiel le lendemain.

L’impact sur les dispositifs fiscaux pour l’Innovation

Pour rappel, le PLF pour 2025 dans sa version initiale ne contenait aucune proposition concernant les dispositifs fiscaux.

• Le CIR n’était pas concerné, lui qui, pourtant, est depuis 42 ans le dispositif fiscal le plus incitatif pour financer la recherche et le développement (R&D) dans les entreprises en leur permettant de bénéficier d’un crédit d’impôt de 30 % de leurs investissements R&D, ce qui favorise le maintien de l’effort R&D en France. C’était plutôt une bonne nouvelle, lui qui chaque année fait l’objet de nombreuses critiques et tentatives de limitations, voire suppression (voir notre article sur le PLF 2024).
• Le CII ne l’était pas non plus, lui qui permet aux PME communautaires depuis 12 ans de bénéficier du même type de réduction d’impôt en lien avec leurs investissements en Innovation. Mais ça, ce n’était pas une bonne nouvelle puisque contrairement au CIR, le dispositif a une portée limitée dans le temps : en l’absence de prorogation proposée dans le texte initial, il allait s’éteindre fin 2024, un vrai coup dur pour l’Innovation dans les PME. Ce sont elles qui créent le plus d’emplois en France.

Mais c’était sans compter sur les débats particulièrement houleux cette année et toujours bon nombre d’amendements sur le CIR (140 amendements déposés à l’AN et près de 70 au Sénat. Voici un tour d’horizon de ces amendements.

• Des amendements « de la mort », qui, chaque année, proposent de supprimer le CIR tout simplement.
• Des amendements « de conditionnement », qui, chaque année, en fonction de la couleur politique, conditionnent l’octroi du CIR à la non-suppression d’emplois de R&D, au non-versement de dividendes, à la non-délocalisation ou excluant certains secteurs d’activités (cas du secteur financier avec 6 amendement excluant ce domaine dans le PLF 2025 contre 2 pour le PLF 2024).
• Des amendements visant les grands groupes qui, comme chaque année, proposent de baisser les plafonds, supprimer le taux de 5 %, plafonner au niveau du groupe ; et cette année de façon inédite de transformer la créance en réduction d’impôt.
• Des amendements de verdissement, qui depuis 3 ans déjà visent à supprimer ou réduire les incitations pour la recherche brune.
• Des amendements de « prorogation », qui viennent prolonger les dispositifs non pérennes, comme le CII et le CIC. La règle des commissions des finances est de proroger pour 3 ans au cours de la dernière année d’existence ces dispositifs.
• Des amendements de « rationalisation » pour exclure certaines dépenses de l’assiette : veille, brevets, normalisation, jeune docteur.

Un des amendements le « plus agressif » est celui émanant de Jean-François Husson, rapporteur général de la commission des finances du Sénat. Il s’inspirait logiquement de la synthèse du rapport de mars 2024 de la mission de « revue des dépenses sur les aides aux entreprises » de l’IGF (Inspection Générale des Finances). Elle préconisait notamment :

• la suppression du statut Jeune Docteur,
• la baisse des frais de fonctionnement sur le personnel de recherche de 43 à 40 %,
• la suppression des dépenses de Veille, de Brevets et de Normalisation,
• la hausse de 10 à 15 % du taux IP Box (voir notre article sur l’IP Box),
• la suppression du CIJV (Jeux Vidéos).

Cet amendement reprenait les 4 premières propositions. Ce sont finalement les 3 premières qui ont été intégrées dans le texte final de la LoF pour 2025. Les modifications promulguées des dispositifs fiscaux pour l’innovation sont présentées en Figure 2.

• Les articles 55 et 56 prévoient, à compter du 15 février 2025, pour le CIR :
  • la suppression du statut Jeune Docteur,
  • la réduction des frais de fonctionnement de 43 à 40 %,
  • la suppression des dépenses de Veille technologique,
  • la suppression des dépenses liées aux Brevets (frais de dépôt, maintien ou défense et dotations aux immobilisations),
  • le maintien des dépenses de Normalisation.
• Les articles 56 et 57 prévoient, à compter du 1^er janvier 2025, pour les CII et CIC:
  • la prorogation des dispositifs pour 3 ans, jusque 2027 inclus,
  • la diminution du taux du CII de 30 à 20 %.
• L’article 104 prévoit la prorogation du CIJV jusque 2031 inclus.
• Aucune modification n’est prévue pour l’IP Box.

 

Concernant le statut JEI, c’est la loi n°2025-199 du 28 février 2025 de financement de la sécurité sociale pour 2025 qu’il faut consulter. L’article 22(V) prévoit :

• le maintien du volet social pour les JEI,
• la hausse du seuil R&D de 15 à 20 %.

Le CIR rationalisé, le CII sauvé mais raboté, le CIC en sursis, le statut Jeune Docteur sacrifié, la JEI soulagée

Le CIR a représenté 7,7 Md€ en 2024. Ce budget non négligeable fait l’objet chaque année d’une volonté d’en réduire les coûts et plus récemment de le recentrer vers des projets en lien avec la transition écologique ou cette année de le recentrer vers les PME. La Figure 3 présente les grandes évolutions de ces 7 deniers années.

1 – Sur les frais de fonctionnement sur le personnel : On constate qu’ils ont souvent servi de variable d’ajustement ou de coup de rabot sur le CIR. Le premier forfait établi était de 75 %. La LoF pour 2011 était venue une première fois baisser ce taux à 50 %. La LoF pour 2020 l’avait réduit à 43 %. Et pour 2025, on atteint 40 %. On peut s’attendre logiquement à voir ce taux supprimé un jour : il a bien été supprimé pour le CII par la LoF pour 2022.

Pour rappel, ces frais de fonctionnement doivent couvrir les frais de support non éligibles par ailleurs : personnel de soutien, administratif, frais généraux, etc.

Enfin il faut souligner que la prise en compte de ces frais permet de diminuer le « coût » du chercheur en France : à l’origine avec un forfait de 75 %, on bénéficiait d’une « prise en charge » de 53 % ((100 + 100 x 73 %) x 30 %) ; en 2025 elle ne sera plus que de 42 % ((100 + 100 x 40 %) x 30 %).

La diminution des frais de fonctionnement et la suppression des dépenses de veille et brevets pour 2025 constituent une rationalisation sans précédent du CIR.

2 – Sur le CII : Le texte initial ne prévoyait pas sa prorogation tout comme le texte de 2024 où il aurait été possible de le proroger à l’avance puisque des amendements avaient été déposés en ce sens. Le suspense aura été maintenu jusqu’au bout. Le dispositif est finalement prorogé jusque 2027 inclus.

De notre point de vue, ce CII est également versé « immédiatement » aux PME et sa non-prorogation (et donc suppression) aurait été un désastre pour la trésorerie des plus fragiles.

Certes le dispositif est prorogé ; néanmoins le budget associé est réduit, puisque le taux de 30 % depuis 2023 est repassé à 20 %. La créance moyenne annuelle était de 36 k€ par PME, elle devrait donc tomber à 24 k€ par PME.

Le taux n’est ainsi plus assez incitatif. Rappelons qu’il n’y a plus, comme pour le CIR, de frais de fonctionnement associés depuis 2023. Ainsi, en 2025, la « prise en charge » du chercheur sera seulement de 20 % ((100 + 100 x 0 %) x 20 %).

Au taux de 20 %, précisons que le plafond du CII sera de 80 k€ (plafond des dépenses inchangé de 400 M€) alors qu’il avait été réhaussé mécaniquement à 120 k€ lorsque le CII était à 30 % en 2023 et 2024.

Enfin un petit point « positif » : les frais de brevets sont retirés de l’assiette du CIR mais pas de celle du CII.

3 – Sur le CIC : Ce dispositif réservé depuis 30 ans à l’élaboration de nouvelles collections (textile/habillement/cuir) est en perte de vitesse. Son taux est de 30 %, avec un plafond de 200 k€ sur 3 ans. Le budget atteint 30 M€ avec moins de 800 bénéficiaires. Il a été divisé par 2 en 10 ans. La créance moyenne est de 37 k€ par entreprise.

Cet essoufflement trouve son origine dans l’effondrement du secteur textile depuis plusieurs années, ainsi que dans les nombreuses jurisprudences défavorables aux entreprises qui rendent le dispositif moins attractif.

Sa reconduction semblait compromise pour le secteur concerné, mais en attendant une évaluation du dispositif et de son efficacité, il a été prorogé pour 3 ans. Les 800 bénéficiaires du CIC sur les 23 000 déclarants tous CI confondus peuvent souffler, mais le dispositif reste en sursis.

4 – Sur le statut Jeune docteur (JD) : C’est clairement le grand perdant de cette LoF pour 2025. On a oscillé entre adoption et rejet de l’amendement de suppression plusieurs fois lors des débats, pour finalement « discrètement » acter de sa suppression lors de la CMP.

Pour rappel, ce dispositif existe depuis 1999 et a été plusieurs fois remanié et amélioré. Il a pour objectif de réduire la fuite des cerveaux et rapprocher le monde de la recherche publique de celui des entreprises, en réduisant le coût du recrutement d’un JD en CDI. Depuis 2008, il était très incitatif : grâce à un doublement de l’assiette des dépenses de personnels et la bonification des frais de fonctionnement à 100 % au cours des 2 premières années de l’embauche, il permettait une « prise en charge » du coût du chercheur JD de 120 % ((100 x 2 + (100 x 2) x 100 %) x 30 % = 120 %).

En relisant les débats, on comprend que c’est justement cette part de 20 % au-delà de 100 % de prise en charge qui a fait « tiquer » certains politiques. Il avait été plutôt question de réduire la voilure, par exemple en supprimant les frais de fonctionnement à 100 %, ce qui aurait donné une prise en charge de (200 + 200 x 43 %) x 30 % = 86 % conservant une certaine « incitativité » à l’emploi des JD. Au lieu de cela, on obtient le même taux que pour le personnel « classique » CIR, soit 42 % de prise en charge par le CIR ; soit une diminution de 65 % de la prise en charge des JD par le CIR les deux premières années, un vrai coup dur.

Depuis cette suppression, des chercheurs et entreprises se mobilisent pour faire revenir le budget / gouvernement sur sa décision. Des pétitions circulent pour « sauver le dispositif ». Une loi rectificative cet été pourrait rebattre les cartes…

Le plus dommageable pour les entreprises est que les JD qui ont été embauchés fin d’année 2024 et donc avant la LoF pour 2025 ne pourront bénéficier du statut JD que jusqu’au 15 février 2025, et non sur 2 années ce qui va mettre de nombreuses start-ups deeptech en difficulté dans leurs plans de (retrouvez notre article : Levées de Fonds : en 2024 : perfusée à l’IA, jusqu’à quand la French Tech pourra-t-elle résister ?)

5 – Sur le dispositif JEI : Il avait été le grand gagnant de la LoF pour 2024, avec notamment les mesures bénéfiques issues du rapport Midy comme l’aide à la levée de fonds (ou IR-JEI, voir notre article). Et pourtant, l’écosystème des start-ups innovantes a tremblé pour 2025.

Pour rappel, le dispositif JEI (créé en 2004) est réservé aux PME de moins de 8 ans, indépendantes, nouvelles et qui ont un minimum de dépenses R&D (au sens du CIR) de 15 % de leur dépenses totales (« seuil R&D »). Il permet notamment des exonérations de charges patronales (« volet social »). C’est un dispositif plébiscité par les start-ups et PME innovantes, valable pour les entreprises créées jusqu’au 31 décembre 2025 ; le budget pour l’état est de 260 M€.

Les dispositions relatives au volet social sont régies non pas par la LoF, mais par la loi de finances pour la sécurité sociale. Le parcours de ce PLFSS, en parallèle de celui du budget, a également été épique. Il s’agissait tout simplement dans le texte initial (n°325) déposé le 10 octobre 2024 de supprimer purement et simplement ce fameux volet social, sauf pour les JEU (Jeunes Entreprises Universitaires). Le dispositif a lui aussi fait l’objet d’une vingtaine d’amendements, pour finalement maintenir le volet social mais avec une diminution du nombre de bénéficiaires, puisque le seuil R&D a été réhaussé à 20 %, contre 15 % actuellement.

Le maintien des exonérations de charges sociales est un véritable soulagement pour la trésorerie des start-ups innovantes. Sans cela, elles auraient vu leur coût du travail augmenter de 30 % du jour au lendemain.

Malgré tout, selon Paul Midy, ce sont plusieurs centaines de start-ups qui vont mathématiquement être écartées du dispositif à compter du 1^er mars 2025, date à partir de laquelle le seuil est réhaussé à 20 %.

Enfin, après avoir autant tremblé, on imagine que les start-ups innovantes auraient apprécié une prorogation « en avance » du dispositif, car rappelons que lui aussi il n’est pas pérenne. A date, il est valable pour les entreprises créées jusqu’au 31/12/2025 ([]).

Quels réels impacts pour le budget ?

Beaucoup de chiffres ont été annoncés au cours des débats, souvent mal évalués. Si l’on se base sur les statistiques définitives les plus récentes du Ministère français de lʼEnseignement Supérieur, de la Recherche et de lʼInnovation (MESRI) sur le CIR 2021 (voir notre article), il est possible de calculer l’impact réel des différentes évolutions prévues.

Ainsi, la prorogation des CII et CIC « coûtera » par année :

• 2/3 de 360 M€ (car le taux est réduit de 30 à 20 %), soit 240 M€ pour le CII.
• 30 M€ pour le CIC (le taux est maintenu à 30 %).

Concernant le CIR :

• Les dépenses de JD représentent 1,43 % des dépenses exposées. La suppression du doublement de l’assiette et des frais de fonctionnement de 100 % impliquent donc une économie de 90 M€.
• Les dépenses de veille représentent 0,27 % des dépenses exposées. Leur suppression implique une économie de 20 M€.
• Les dépenses de brevets (dépôt, maintien et défense) représentent 2,7 % des dépenses exposées. Leur suppression implique une économie de 190 M€.
• Les immobilisations sur brevets représentent 0,15 % des dépenses exposées. La fin de leur prise en compte apporte 10 M€.
• Les frais forfaitaires de fonctionnement sur le personnel (hors JD) représentent enfin 21,74 % de l’assiette. Le passage de 43 à 40 % du forfait apportent une économie de 100 M€.

Ainsi l’ensemble des mesures apportent une économie de 410 M€, vs les 270 M€ de coûts associés à la prorogation des CII et CIC.

A noter que si le taux IP Box avait été relevé à 15 %, c’est une économie de 300 M€ qui aurait été réalisée.

C’est bien le plafonnement au niveau du groupe ou encore la baisse du plafond des 100 M€ qui aurait pu permettre d’économiser bien plus, sans perturber l’innovation dans les PME. Et pourtant, les amendements n’ont jamais été adoptés sur ce sujet.

Il est à craindre au cours des années à venir qu’on cherche encore à rationaliser le CIR, notamment en diminuant encore les frais de fonctionnement. S’ils venaient par exemple à passer de 40 à 20 %, cela ferait une économie de 700 M€.

Et quand est-ce qu’on s’y met ?

Il s’agit de regarder avec attention les dates d’effet des nouvelles mesures de la LoF pour 2025. Celles qui retirent un droit (suppression de dépenses ou réduction de frais de fonctionnement) sont à compter de la date de publication de la loi (15 février 2025) et celles qui en octroient un (comme la prorogation des CII et CIC) démarrent dès le 1^er janvier 2025.

Par exemple :

• Pour un chercheur en 2025, il faudra appliquer des frais de fonctionnement de 43 % du 1^er janvier 2025 jusqu’au 15/02/2025 puis de 40 % du 16/02/2025 au 31/12/2025.
• Pour les factures de veille ou brevets, il ne faudra prendre en compte dans l’assiette du CIR 2025 que les factures datées du 1/01/2025 au 15/02/2025.

Au final, il faudra faire au moins 2 chiffrages au lieu d’1, voir 3 si une LoF rectificative venait à modifier ces éléments…

Deux petits tableaux pour 2025 pour s’y retrouver… ou pas.

Taux d’abattement IR-JEI, voir notre article

 

Auteure : Véronique Collin, Experte Fiscalité de l’Innovation

 

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